Για πρώτη φορά μετά τον αγώνα στο Mugello, o Maverick Vinales θα εκκινήσει από την pole position, αφήνοντας δεύτερο τον Andrea Dovizioso και τρίτο τον Marc Marquez.
Στο Q1, η μάχη για την πρόκριση ξεκίνησε με τον Lowes να πέφτει για τρίτη φορά μέσα σε δύο μέρες, ενώ ο Bautista με τον Miller βρίσκονταν στις δύο πρώτες θέσεις, ενώ ο Iannone ήταν 9 δέκατα πίσω, στην 10η θέση. Ο Folger βρισκόντα τρίτος, στο όριο να περάσει τον Miller.
Στο δεύτερο run, ο Folger κατάφερε με έναν εκπληκτικό γύρο στο νήμα να πάρει την 1η θέση, όμως ο χρόνος του ακυρώθηκε, κάτι που τον έριξε στην 6η θέση. Εκτός από τον χρόνο του Folger, κι ο χρόνος του Miller ακυρώθηκε από τους αγωνοδίκες, καθώς φαίνεται πως πέρασε τα όρια της πίστας στην Τ11, οπότε 1ος πέρασε o Bautista και 2ος ο Abraham. Τρίτος έμεινε ο Barbera, τέταρτος ο Miller και πέμπτος ο Baz.
Αναλυτικά η κατάταξη του Q1:
Στο Q2, μετά τις πρώτες προσπάθειες, ο Vinales με τον Pedrosa βρίσκονταν στις δύο πρώτες θέσεις, ενώ ο Marquez είχε παρατήσει δύο γρήγορους γύρους, θέλοντας να αποφύγει τον Pirro που τον ακολουθούσε. Ωστόσο, στον πρώτο του γρήγορο γύρο, ο Ισπανός πέρασε στην 1η θέση, με μικρή διαφορά. Τέταρτος έμεινε ο Dovizioso, πέμπτος ο Petrucci. Την έκπληξη έκανε ο Lorenzo, που έχοντας μόνος του στην πίστα ενδιάμεσα στα δύο run, πέρασε στην 3η θέση.
Στο τελευταίο run, ο Dovizioso ανέβηκε πρώτος, όμως ο Vinales απάντησε στον επόμενο κιόλας γύρο, κατακτώντας εκείνος την pole position στο Misano. Ο Marquez, αν και ήταν σε ρυθμό να περάσει στην πρωτιά, έπεσε στην Τ13, χάνοντας κάθε ευκαιρία να πάρει ακόμα μία pole φέτος.
Τέταρτος κατετάγη ο τραυματίας Crutchlow, πέμπτος ο Lorenzo, έκτος ο Zarco, ενώ τη δεκάδα έκλεισαν οι Pedrosa, Petrucci, A. Espargaro και Bautista.
Αναλυτικά η κατάταξη του Q2:
